A Magyar Kutatási Hálózathoz a kutatóközpontokon és kutatóintézeteken felül jelenleg 116, egyetemeken, illetve egyéb közintézményekben működő önálló kutatócsoport tartozik. E csoportok támogatott kutatócsoport formájában nyerhetnek el támogatást a kutatásaikra, a működésükkel kapcsolatos adminisztrációs feladatokat a HUN-REN Támogatott Kutatócsoportok Irodája (HUN-REN TKI) látja el.
A HUN-REN TKI-hoz tartozó kutatócsoportok a matematikai és természettudományok, az élettudományok, illetve a bölcsészet- és társadalomtudományok változatos területein végzik kutatásaikat. Szerves kapcsolatot jelentenek a HUN-REN és a hazai nagy kutatóegyetemek között, megteremtve ezzel a magasabb szintű, kiválósági együttműködések alapjait.
Egyes kutatások például a biodiverzitás megóvásával, a fehérje- és peptidrendszerek atomi szintű vizsgálatával, vagy az egészségünkhöz köthető fejlesztésekkel, mások a Balaton vízgazdálkodási kérdéseivel, az exobolygók részletes megismerésével, vagy új kompozitanyagok, valamint arany nanoklaszterek fejlesztésével foglalkoznak. Számos csoport végez a magyar történelem és nyelv területén nélkülözhetetlen kutatásokat, ezek közül az elméleti nyelvészet kérdéseit vagy az értékes tudományos eredménynek tekinthető Anjou-kori oklevéltár, illetve Zsigmondkori oklevéltár kötetek publikálását érdemes kiemelni. Ezenfelül a támogatott kutatócsoportok további népszerű és fontos társadalomtudományi kérdéseket vizsgálnak: példaként említhetjük a 11. század nyelvemlékeinek feltárását vagy a magyar fiatalok egészségkárosító magatartásaival kapcsolatos kutatásokat.